Оба облика су правилна. Прекопута се пише спојено када значи да се нешто налази са друге стране.
Пример: Њена зграда је прекопута наше улице.
Одвојено се пише када је у предлошко-падежној конструкцији преко + пут.
Пример: Прешао је преко пута да се бисмо срели.